Вологодская земля бережно хранит память о герое:
- 5 ноября 1949 года открыт памятник в селе Кубенском. В зале боевой славы районного краеведческого музея развёрнута экспозиция о А.Ф. Клубове.
- В честь 90-летия со дня рождения Александра Федоровича 18 января 2008 года в Вологде на улице Клубова торжественно открыта мемориальная доска на спортивном комплексе «СпортАрт».
- Имя А.Ф. Клубова занесено на стелу мемориального комплекса учебной авиационной бригады Харьковского национального университета Воздушных Сил Украины, дислоцированной на территории бывшего училища в Чугуеве.
- Имя дважды Героя советского Союза А.Ф. Клубова носят школа № 15 в Вологде и военно-патриотический клуб в Санкт-Петербурге.
- Имя «Александр Клубов» присвоено пассажирскому теплоходу Сухонского речного пароходства, самолёту авиакомпании «Северсталь» (2016), дальнему противолодочному самолёту Ту-142 ВВС Северного флота (аэродром Кипелово) в 2021 году.